故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
在浮世英寿成为守望世界的神明后过了一段时间,撕裂和平日常生活的一发枪弹与展露身影的变异种邪魔徒 这时候还没有人知道,这个邪魔徒的登场,是毁灭人类的元凶破坏神“God邪魔徒”诞生的前兆 然后在此出现的,是白发的英寿。他变身成绽放金色光辉的Geats,然后攻击Tycoon和Na-go等人。在一行人正困惑时,另一个英寿的身影出现了…… 另一边,贝萝芭出现在吾妻道长的面前。因贝萝芭之手而让他体内沉睡的邪魔徒之力觉醒,所出现的充满不详气息的Buffa究竟是……? 「两个英寿」的存在所昭示的惊人事实是什么? 在破坏神的诞生分秒必争的当下,假面骑士们能否守护得住这个世界,守护得住人类呢?!