故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
主角·麻生胜是望月博士的助手，由于望月博士正在研制NEO生命体·ZO，麻生胜不幸成为了NEO生命体的实验品，望月博士将蟥虫的因子注入了麻生胜体内！之后麻生胜逃离了研究所，由于不能接受自己的身体所以一直沉睡在深山…… 一天，他突然感觉到望月博士的感应而醒了，原来博士他以改造了一只NEO生命体·杜拉斯，杜拉斯有着比ZO更强大的力量，而且拥有用自己身体的一部分来制作怪人的能力！ 另一方面，杜拉斯正准备捉拿望月博士的儿子·望月宏，皆因博士对宏的爱多于自己，从而使杜拉斯嫉妒不已。但幸运的是，ZO正好出现，并救了宏，与NEO生命体·杜拉斯的连翻激斗也由此开始！
本作将讲述与“结”有关的都市传说。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
