宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。引天行声称只有一种叫“Planet Force 行星之力”的东西可以拯救塞博特恩。“行星之力”是由创造宇宙的元始天尊的火种制造，它们有着具有巨大的威力。运用这种力量，就可以摧毁黑洞，恢复所有被吞噬的星球。为了争夺这些上古圣物，两派争端再起。随着4个藏有行星之力的星球逐步被发现，原来越多风格各异的变形金刚卷了进来。烈焰擎天柱、火线擎天柱、守护擎天柱、巨神擎天柱，他们是敌是友，他们能否帮助星辰擎天柱最终摧毁黑洞，战胜神尊威震天。这一切都将在华丽的CG动画中完美展现。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
