自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
每个人都有不可告人的一面—— 这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国(Ostania)与西国(Westalis)的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙,上级给予了他一个绝密任务。 任务名为:“枭”(Strix)行动。内容是“一周之内组建家庭,潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰,开始组建家庭。然而,他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者,妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致,便互相隐瞒身份,开始了共同生活。 世界的和平,就掌握在这意外不断的临时一家人手中。
21世纪,地球回复昔日的和平,但此时宇宙坠下一颗陨石,陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时,时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现,GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔,但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护,但三个巨像已被破坏剩一个,队员·大伍的战机也被击中,且逃生装置失灵。在危急关头,大伍突然化成光,和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活,并与两大怪兽展开了战斗……
故事发生在一座名为阿斯特拉艾亚的山上,在那里,存在着三所女子学校,它们分别是圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院以及圣露莉姆女子学校,这三所学校共享着同一间宿舍——草莓宿舍。 苍井渚砂(中原麻衣 配音)是圣米雅特尔女子学园的新生,对于充满了未知的未来生活,渚砂的心中充满了憧憬与希冀。一次偶然中,她遇见了名为花园静马(生天目仁美 配音)的女子,霎时间,渚砂就被静马的美丽和高贵深深的吸引了,而静马亦对亲切可爱的渚砂产生了兴趣,一段充满了变数的感情就此在两个女孩之间展开,当渚砂和静马之间的距离日渐缩短之时,静马隐秘的过去也逐渐浮出了水面。