2050年，太平洋深处孤岛的猩红别墅里，一群失忆女孩被圈养，唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外，她在储藏室撞见尸骸，唤醒了对自由的渴望，与执念寻找失踪姐姐（编号07）的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制，以“被选中”为诱饵，推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物，安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时，甩出一枚鸢尾发夹，林溪认出是姐姐同款，探寻决心更甚。安晓自伤求医时，发现李鸣处有与自己相似的女孩照片，身世成谜。二人潜入储藏室，揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪，林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂，林溪独自刺杀莉娜，却得知安晓是莉娜的女儿，也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中，林溪护安晓被麻醉，莉娜奋力护女，安晓恢复记忆后彻底反抗，这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。
大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。 个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。
故事发生在一座名为阿斯特拉艾亚的山上，在那里，存在着三所女子学校，它们分别是圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院以及圣露莉姆女子学校，这三所学校共享着同一间宿舍——草莓宿舍。 苍井渚砂（中原麻衣 配音）是圣米雅特尔女子学园的新生，对于充满了未知的未来生活，渚砂的心中充满了憧憬与希冀。一次偶然中，她遇见了名为花园静马（生天目仁美 配音）的女子，霎时间，渚砂就被静马的美丽和高贵深深的吸引了，而静马亦对亲切可爱的渚砂产生了兴趣，一段充满了变数的感情就此在两个女孩之间展开，当渚砂和静马之间的距离日渐缩短之时，静马隐秘的过去也逐渐浮出了水面。
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