《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
天赋平平的宣起,原本只是个神通榜上没有排名的神通者,人生理想只是在这一方天地中,安全第一地苟到最后。然而一次外出,他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战,遭受池鱼之殃。危急时刻,宣起竟然开启了“天秀”系统,获得了“只要展现绝世高手风范,就能不断获得仰望值”的能力。此后,宣起误打误撞,不得不以“神皇转世”的身份登场,看似轻而易举地斩杀上古魔物,更连续击败异魔道高手,从此一朝成名天下知,受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是,他的一言一行总是被误会成大有深意,无数神通者视他若神明,而他也被异魔道当成了心腹大患。
身怀两大道体,却因无灵根启发灵体的东方少鸿,被同族耻笑,甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至,东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄,被仙盟所困。在宗族危难之际,东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石,击退仙盟,挽救宗族于危机之间。举步维艰之际,东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救,拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上,太阴山涧,东方少鸿拼力修炼的同时,却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类,不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到,只有自己足够强大,才能救得父亲脱困,为自己正名,戳穿仙盟的阴谋。