《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
在第一季成功实现梦想晋升为搞笑师的泰勒,将在本季正式开启搞笑师的职业旅程。当以惊吓为主要能源来源的对手公司前来挖角时,怪兽电力公司的同事们开始质疑泰勒的忠诚,泰勒必须找到他心中真正归属之处。