从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
立藤美学园，仅仅因为一个入侵者——“它们”，而化作了地狱的坩埚！“它们”袭击人，咬人，产生出新的“它们”席卷了整个学园。在化成恶魔的世界的学园内，小室孝和青梅竹马宫本丽、朋友井豪永，暂时去避难。但是，为了保护丽而被“它们”咬的永却变成了“它们”……剩下来的两人，与其他幸存者，同级同学高城沙耶、平野户田、剑道部主将毒岛冴子、校医鞠川静香汇合，下定决心逃出学园！他们有办法活下来吗！？
设定在“克隆人战争”之后，帕尔帕廷皇帝的统治将要开始之时，摩尔计划在一颗未被帝国染指的星球重建他的犯罪组织，而他遇上了一个理想破灭的绝地学徒，或许正是他在复仇之路上所需要的帮手。
百年战争，世事颠倒，人心糜烂，贪欲横行。各国之间兼并攻伐，血流成河。名叫格斯的男子（岩永洋昭 配音）凭藉一己之力在佣兵中打出名号，也引起另一个强大男人的观注。不久，他遭遇了令人闻风丧胆的佣兵部队“鹰之团”及其具有超凡魅力和实力的领导者统治者格里菲斯（樱井孝宏 配音）。格斯在挑战格里菲斯的战斗中败北，此后加入鹰之团，成为其中最为骁勇的战将。在连番激烈的战斗中，他与战友建立起坚不可摧的友情，更得到格里菲斯的赏识，后者甚至不顾自己的安全拯救被恶魔佐德折磨的格斯。但随着鹰之团成为米特兰王国的正规军，以及格里菲斯被封为贵族，淳朴的战友之情开始蒙上阴谋的鬼影…… 本片根据漫画家三浦健太郎的同名原作改编，为“黄金时代”三部曲第一部，其他两部为《多尔多雷攻略》、《降临》。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
