从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
濑名泉水（代永翼 配音）出身于演艺世家，父母和哥哥都是当红的明星艺人，唯独泉水是个普通大学生，而且还是个梦想成为漫画家的个性内向阴沉的宅男。他的这种性格，源自十年前的一次广告拍摄，泉水临时被安排出演女花童角色，当时的搭档是出演男花童的一条龙马（江口拓也 配音）。拍摄上出现的失败让泉水从此惧怕演艺圈，而与之相反的是，一条龙马在演艺道路上顺风顺水，成为了炙手可热的偶像明星，而他却一直单相思着那一个爱哭的小小女花童。 十年后泉水再次接到广告邀请，搭档仍是一条龙马。本想拒绝的泉水在家人的威逼利诱下再次女装上阵。十年后的重逢，让龙马十分兴奋惊喜，他甚至在拍摄结束后向“泉水小姐”表白，却发现，自己魂牵梦萦了十年的泉水竟然是男人？
