自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起,艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉,艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是,在严酷的战斗中,艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由,艾伦施展着巨人的力量,并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中,艾伦最终胜出了。即便如此,艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群,人类将如何面对?
学校の屋上で漫才の練習をしていたユウとノブ。同じ頃、校舎の中は人間ではない「別のモノ」の存在であふれていた。「別のモノ」に噛まれて死ぬと、同じく「別のモノ」となって人を襲うようになるという。混乱した学校で、ユウとノブ、そして生き残った生徒たちはその魔の手から逃れることができるのだろうか──。