恶棍们想利用龙的生命力为非作歹,两个来自不同世界的少年用他们新获得的忍者力量保护龙免受侵害。
他们拥有梦想。 总有一天,飞向广阔天空的梦想。 知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。 遥远的未来。 人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”,并讴歌着文明。 在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”,通称“鸟笼”。 孩子们就住在那里。 对外面的世界一无所知。 对自由的天空一无所知。 他们被告知的使命,只有战斗而已。 敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。 为了对抗尚未见过的敌人,孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。 他们坚信,乘坐其中,就是对自己存在的证明。 有一位曾被称作神童的少年。 代号016。名字是广。 但他现在却跌落谷底。 是不被人需要的存在。 如果没有乘上FRANXX,就如同不存在一样。 在这样的广面前,某天,一位被称作02的神秘少女出现了。 她的额头,长着两根艳丽的角。 “——找到了哦,我的DARLING”
故事以江户时代后期为舞台,最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面,与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛,找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放,并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
混杂于群众之中,以人类的肉为食。拥有人类的形态,却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”,曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面,在成立了新体制的“CCG”,以旧多二福为中心,不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事,终于迈向最终章——。