该剧讲述了市检察院资深检察官段鸿山（张鲁一 饰）在办理“被家暴女性杀夫”案件时，省检察院青年检察官方灵渊（高叶 饰）被任派协助办案。两人办案过程中，发现案件与十四年前段鸿山办理的李沐风（白敬亭 饰）、梅筝（张柏嘉 饰）、江婷（叶青 饰）经历的“校园防卫过当案”息息相关，二人以事实为根据，以法律为准绳，综合考量“天理、人情、国法”，最终给予案件准确定性的故事。
故事发生在明朝，失忆的风行烈（林峰 饰）并不知道自己是蒙古国王子，追求逍遥自由的本性表露无遗，更为了博取靳冰云（郭羡妮 饰）红颜一笑，决定夺取武林宝剑覆雨剑，因而与韩柏（黄宗泽 饰）不打不相识，更结交成为好友。那边夺回的覆雨剑却被冰云送给大魔头庞班（郭政鸿 饰），风行烈始料未及。原来冰云一心所钟情的是庞班，为了爱人不惜出卖风行烈，累及风行烈失去所有武功还被追杀，幸得韩柏相救。此时韩柏士别三日当刮目相看，已得到赤尊信传授毕生功力成为武林高手。 庞班所作的一切其实是为了辅佐风行烈复国，而复国最大的阻碍来自韩柏。要发挥覆雨剑最大的功效，就必须要练成“剑心通明”，江湖上能与风行烈共练此剑的，唯有慈航静斋大弟子秦梦瑶（佘诗曼 饰），然而身为大明的支柱，秦梦瑶立场坚定。风行烈唯有用情来打动她。而明室之中，亦有内奸，最有才能的燕王朱棣面对天命及冤屈，亦要做出重大的选择。
《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。 由“铁三角”张铁林、张国立、王刚主演的系列电视剧《铁齿铜牙纪晓岚》，至2009年已发行四部。作为该系列电视剧的第三部，本剧集不仅由这三位老戏骨继续联袂演绎，更在人物关系的设定上，邀请台湾笑星张庭出演神秘女子陆琳琅，为本剧增色不少。
