自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
传奇黑客为拯救人类被系统AI追杀身死,意外成为异界第一宗门的宗主,但为了应对宗内全是卧底的局面和随身而来的系统危机,陈宁只想低调的再观望看看。但如锥处囊中,纵使他冷面无双心系世人,也是万花丛中过,朵朵都沾身,最后在系统代理人姜雀的帮助下,陈宁王霸之躯一抖,敌我双方纳头便拜!世界隐秘争先恐后对他打开,最终破解灭世危机。
拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天,他一如往常地进入梦乡,醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界,转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相,但比起活在过去,他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长,亚瑟的能力也渐渐觉醒,并开启了与新伙伴的冒险…!
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。