月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
今晚，他也在召唤出牙狼铠甲，斩杀食人魔兽霍拉。 这时，魔戒法师「古由利」（Koyori）出现了。 她告诉流牙一个危及世界的紧急状况，想要获得黄金骑士的帮助。 “破灭之门即将开启” 破灭之门被认为是霍拉最早出现在人类世界的大门。 不知为何，据说它即将再次开启。 在古由利的带领下，流牙来到了大门所在的城市克莱阿城。 在这座城市里，蔓延着“破灭之门”泄露出的黑暗气息。 流牙感觉到了邪气，并立即与霍拉交战。 激战中，一名神秘的魔戒骑士突然出现。 他就是身披“钢”铠甲的「白羽创磨」。 作为无名骑士“钢”猎杀霍拉的创磨，他的宿命是什么！？ 流牙能否阻止“破灭之门”的开启！？ 现在，一个逼近守护者的起源的气壮山河的故事拉开帷幕。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
