仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙,却不慎破坏了神官们的金殿,无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中,谢怜结识了两位来帮助他的小神官,并认识了诡王花城,四人一同解决了一件件诡谲的事件,并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外,还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际,他们决定要攻进帕拉迪岛,把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后,回到人类世界-悦悠岛,成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中,她们学习了解到各种海洋知识,并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而,一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛,利用各种高科技装备,四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的,希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……