全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标! 冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼
回过神来,我只身一人站在地平线的中央。 环顾身边,没有任何的建筑物和人影。 束手无策地踱步之时,突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 那是,存在于生与死之间的旅店。 为什么无法动弹? 为什么……是我? ――这是赌上性命的第二次比赛。
艾伦为了毁灭世界,发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻,摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克,以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦,展开了最后的战斗。