TV2003重制版,是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本,画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集,03版共26话,一共30集。这个版本中21与22,23与24,25与26,27与28都是相同的内容。只不过21,23,25,27和原来一样,而22,24,26,28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
故事发生在位于东京郊外的私立八光学园之中,这所学校致力于培养高贵纯洁的千金大小姐并因此远近闻名。然而,令众人都无法相信的是,自2011年4月起,这所从未被男子所踏足过的圣殿,竟然开始招收男生,而以藤野清志(中川大志 饰)为首的五个男生成为了这所学校历史上的首批男子学员。 在诸葛岳人(柄本时生 饰)、若本真吾(矢野圣人 饰)、安德烈(坂本祐介 饰)和根津让二(宫城大树 饰)的怂恿之下,藤野清志决定和他们一同去偷窥女澡堂,然而很快就落网的四人当然遭受到了来自于校园内部神秘组织“里学生会”的惩罚。他们被监禁在“监狱”之中,每日都要受到会长栗园万里(山崎紘菜 饰)等学生会骨干的“折磨”和“蹂躏”。
美月(桥本千波 配音)和夕哉(间岛淳司 配音)虽然身为兄妹,却并没有血缘关系,父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡,但随着时间的推移,美月发现了夕哉善良的一面。 一位名叫寿日和(小仓唯 配音)的幽灵少女出现在了美月的身边,寿日和告诉美月,自己死于一场交通事故并且丧失了记忆,脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上,希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛,然而,对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月,夕哉究竟抱有着怎样的感情呢?