自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
以主人公安久为轴,描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类,借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题,终于迎来了和平的理想乡。然而,作为皇国第一皇女的安久丽莎,却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵,并被派遣到偏僻的岛屿上,同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”,共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是,少女的不屈物语就此开始了……
后文明时代,地球异象频发,名山大川中出现异果,生灵凭借异果发生异变。大学生楚风,在失恋旅行中误入青铜昆仑山中,在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统,开启制霸修行之路!
讲述青年南光太郎和弟弟秋月信彦被选中成为“黑日”和“影月”,为击溃戈尔哥姆的阴谋和救出信彦,未被洗脑的光太郎以“假面骑士BLACK”之名展开了战斗。