時は仮想19世紀末。 悲劇を嘆く弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで作られるAKUMAは、殺戮を繰り返すだけの殺人兵器となり、 さらなる恐怖と悲劇を生み続けることで進化していく。AKUMAを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる「ノアの一族」。 そのAKUMAを破壊できる唯一の存在が「黒の教団」率いるエクソシストたち。 はるか昔から続く両者の戦いは、何者かに筋書きされた「裏」の真実があった…。
2050年,太平洋深处孤岛的猩红别墅里,一群失忆女孩被圈养,唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外,她在储藏室撞见尸骸,唤醒了对自由的渴望,与执念寻找失踪姐姐(编号07)的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制,以“被选中”为诱饵,推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物,安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时,甩出一枚鸢尾发夹,林溪认出是姐姐同款,探寻决心更甚。安晓自伤求医时,发现李鸣处有与自己相似的女孩照片,身世成谜。二人潜入储藏室,揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪,林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂,林溪独自刺杀莉娜,却得知安晓是莉娜的女儿,也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中,林溪护安晓被麻醉,莉娜奋力护女,安晓恢复记忆后彻底反抗,这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。