自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
正邪不能两立,光明与黑暗永远敌对。远古时期,正义的魔弹战士们为了世界的和平,早已开始和邪恶的魔物对抗,在双方实力平分秋色之下,魔弹战士失去了能量,而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着复仇的杀机,新一代的魔弹战士将继承先人的遗志,继续为人类的和平奋斗。
女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的,就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜,逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界,却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术,让舒言重新生长,叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱,就步入了女王精心准备的陷阱,她们被女王分别封入了镜空间。