自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
不敌病魔而辞世的青年——火乐，被神明复活并变年轻后转移到异世界，期待展开享受悠闲农业的第二人生！得到神明所授予的「万能农具」，火乐得以自由自在地在异世界拓荒耕种。过程中，不只是天使及吸血鬼，就连精灵与龙也接踵现身……转瞬间便发展成村落规模，回过神来，自己已成了村长!?慢活生活&农业奇幻谭，在此揭幕！
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某日，有一封信来到了从红魔村归来的和真一行人手中。 上面写着，王女爱丽丝想听打倒了魔王军干部的和真一行人的冒险故事。 与作为护卫兼教育担当的库雷娅和蕾茵相伴来到阿克塞尔的王女爱丽丝，本以为与和真小队的会面能平稳结束，但—— “还能多跟我讲些冒险故事吗？” 王女爱丽丝，竟对和真念念不忘！？ 当和真再次睁开双眼，此时竟身在王都！ 但是，正在此时，王都发生了义贼暗暗活跃的事件——！？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
