住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
年轻人史奇对自己的技巧有点儿骄傲，他将成为外科医生，他认为能把妹妹从痛苦中解脱出来，虽然其他医生觉得手术太昂贵和无效果。…但史奇最后还是失去了妹妹。在车祸后，双手动不了的他变得抑郁，而现代科技起不了作用。他去了喜玛拉雅山来找寻前人，谣传他医术高明。他发现前人帮不上忙，前 人告诉他先治愈好心灵，才能治愈好身体，要冲破心灵障碍，别相信眼见为实，史奇接受了古怪的身体训练，可他情况变得更糟糕…前人病了，随从莫多想继承魔法大师的职位，因此他视史奇为对手。同时，妖法高深莫测的邪灵Dormammu扬言离开监禁后，会为祸人间。在敌人的敌人就是朋友的理论下，追求权力的莫多也许和Dormammu联手。究竟史奇能否做好准备，及时阻止他们？
