故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
在一个阳光明媚的日子里，五大国最强的火之国木叶村举行了运动会，据说获胜者将获得前往琉球度假的机会。漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和宇智波佐助（杉山纪彰 配音）组成一组，他们摩拳擦掌，志在必得。谁知就在比赛开始前，鸣人突然感到腹中疼痛，他连忙离开会场跑去厕所，而男厕所门口前居然排起了长龙，他没有办法只能硬憋着返回会场，如此折磨的情况下比赛效果自然好不到哪去。总算混下来第一场，鸣人再度跑去厕所，偏偏此时男厕在打扫卫生，鸣人走投无路，想溜进女厕所，关键时刻又被雏田叫住。 接二连三的磨难，鸣人能否赢得前往琉球的机会？
