白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
东历1008年，这是一个盛行弹珠游戏的异世界。少年欧阳小枫为了寻求弹珠的更高技艺而寻找传说中的弹珠仙人拜师学艺，之后在弹珠仙人所在的仙珠山遇到了其他四个并肩作战的好朋友，他们凭着正义，执着，信任，善良，勇气一起都成为了弹珠仙人的徒弟。黑暗中的鬼伯爵一直虎视眈眈着弹珠仙人的五大神圣弹珠战机，想要得到五大弹珠魔神，得其强大的力量，继而统治整个弹珠异世界。为了拿到五大弹珠魔神和流落民间的“弹珠戒指”与“弹珠权杖”，鬼伯爵势要铲除欧阳小枫等五战士，鬼伯爵决定通过三场比赛的递增，得到“弹珠权杖”和“弹珠戒指”，然后依靠其强大的力量再夺取五大圣神弹珠战机……
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
