举办开国祭并与各国缔结邦交的魔国联邦，开始朝着实现人类与魔物能够共同生活的世界「人魔共荣圈」迈进。跨越种族之间的隔阂，携手走向繁荣的魔国联邦。然而，在这背后，也有人将魔王利姆路的崛起视为危险。其中包括西尔特罗斯王国五大老之首的前「勇者」格兰贝尔・罗素，以及他的孙女玛玛莉安贝尔・罗素。高举以支配来守护人类主张的格兰贝尔与玛莉安贝尔策动谋略，并与利姆路正面冲突。另一方面，在黄金乡艾尔多拉德，魔王雷昂也为了某个目的开始行动。 身为人类守护者的勇者，与支配世界的魔王。在各种盘算交错之中，一名「勇者」正准备苏醒—— 怀抱着无法退让的意念，利姆路的下一场战斗即将展开。
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
拥有着强大力量的创世神杖被四大神之一的埃及神拉（李璐 配音）盗走。为了令宇宙免于被毁灭的悲惨命运，希腊神宙斯（藤新 配音）派出了自己的女儿雅典娜（山新 配音）追踪神杖的下落。 小金刚（皇贞季 配音）是自幼生长在孤儿院里的平凡少年，常年凭借着机灵的脑瓜靠着坑蒙拐骗赚钱度日，只为了有朝一日身患重病的青梅竹马小青（C小调 配音）能够康复。一次偶然中，小金刚得到了藏有创世神杖下落的藏宝图，随后遭到了雷神托尔（李姝洁 饰）的伏击，在争抢之中，藏宝图被破坏，就这样，小金刚成为了唯一一个知道创世神杖在哪里的凡人。就这样，小金刚、雅典娜、托尔，再加上一个来自东方的脱线河神（郝祥海 饰），一行四人踏上了寻找创世神杖的旅途。
