目が覚めると、そこは見知らぬ森だった。どうやらここは俺の知らないファンタジー世界らしい。周囲を見渡せば、おっかない異形の魔獣だらけ。自分の姿を見てみたら、そこには…・・・って、オイ！俺、卵に転生したっていうのかよっ！？進化先にドラゴンとはあるものの、そもそも卵から孵るには魔獣を狩ってLVを上げなきゃいけないっぽい。戦うなんて絶対無理！だって俺、卵じゃああぁああああん！！なんとか進化はできたものの、せっかく出会えた人間からは“モンスター認定”される始末。俺はただ、人間と仲良くなりたいだけなんだよおおおおお！！いつだって絶体絶命！
曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
