这次的故事从“声音”开始。高中生山吹有恓为了寻找初中时沉迷的电台主播而专注于声音。某天从学校广播中听到了确信是本人的声音。但是冲到广播室才发现有四个人在内，而且梦想也能对应上，为了找出真身告诉她自己的心意，有恓开始了行动。
普通的女子高中生·枫在一条陌生的巷子里醒来。那里是一个有兽人、精灵和龙的不寻常的异世界。枫注意到她持有的背包里有一本陌生的书。那是一本只要念出‘生成’就能变出药水的神奇书籍！对于被扔到异世界的枫来说，生成的药水成为了生活的支柱。虽然渴望有一天能回到日本，但枫作为女子高中生在异世界的奋斗仍在继续……
TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
