三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
因一场以利益交换为目的的联姻，太玄楼刺客江元与九璇宗圣女韶月奉命成婚。两人在洞房夜发起暗杀，却发现彼此皆是不死之身。为了得到对方宗门的秘宝御妖铃、镇魔钟，两人从死敌转为表面夫妻，虚与委蛇。但两人尚不知道，对方也是家园被“虚无”所毁的外星遗民。这对宿命伴侣在戒备与试探中结成同盟，不仅要寻找遗失飞船化做的秘宝，更要对抗虎视眈眈的整个修仙界，在危机四伏中寻找击败“虚无”的希望。
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
