高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。n而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。n而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
大雄突发奇想，想要凭借自己的力量飞上天空。他自制翅膀，在学校的后山辛苦练习，可惜屡战屡败。正在这时，一架人力飞机通过异次元空间出现在上空，飞机连同驾驶员一同栽了下来。大雄、静香和哆啦A梦救助了这个拥有翅膀的奇怪家伙，他名叫古斯基，来自鸟的国度——鸟托邦。在修好飞行器后，古斯基准备返回自己的国家，结果胖虎和小夫突然出现，阴差阳错闯入异次元空间，为了救回伙伴，大雄他们也随同前往。鸟人警备队长官滋古连度对人类极度憎恨，他企图消灭所有人类，大雄和小伙伴在鸟托邦的冒险就此展开…… 本片根据日本漫画家藤子F不二雄的长篇同名漫画改编。
