夜神月设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。月和L的头脑对峙迎来了新的局面。借着“帮助ICPO逮捕Killer”的理由，月潜入了调查本部。这样月就和对月虎视眈眈的L直接面对面的交锋了。
但是，发生了月预想以外的事件，与死神硫克个性迥异的另一位死神雷姆也把自己的死亡笔记丢在了地球上，被一位崇拜Killer的小姑娘弥海砂捡到了。弥海砂主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。弥海砂用自己一半的生命作代价取得了夜神月所没有的特殊能力“死神之眼”，这个能力可以直接看到对方的时候就能知道对方的真名，是对付L的最强武器，所以月同意了和小姑娘合作。但是就在弥海砂写下L的真名前，聪明的L先发制人，将弥海砂作为基拉嫌疑犯关进了Killer对策室，知道同伴被监禁后，月也提出了将自己监禁的要求，但是一切都是在月的计算之中。夜神月为了救弥海砂，想到了一个绝妙的办法--放弃死亡笔记所有权。
同时，因为制作煽动性的跟踪报道“Killer”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美追踪Killer的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名Killer出现了。两个死神，两本“死亡笔记”，三个Killer，一切扑朔迷离。死亡笔记的规则被公布于众，两个天才的头脑斗智也在一个一个预想之外的事件中展开。
下雨天的公园内，高中女生高山梨里（しらたひさこ 饰）被贪财的男友无情并抛弃，潜伏在暗处的男子芳彦（山本太郎 饰）将晕厥的梨里带回家中。 曾经是流浪汉的芳彦失去了记忆和声音，他只能用纸笔与他人交流。后来他被富有的女人三杉隆子（加藤治子 饰）收养，住进一幢豪华气派的西式别墅中。隆子生病住院，孤独的芳彦带回梨里并将之囚禁起来。不管梨里怎样恐惧与愤怒，他始终表现出温和和体贴。两人逐渐接近，而梨里也开始了解到芳彦那一曾失落的记忆…… 根据松田优作遗孀松田美智子纪实文学《女子高生誘拐飼育事件》改编。
