神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
童守町接连发生各种无法解释的怪异现象。为了保护孩子们，一位教师被派往童守小学赴任——他就是五年三班的班主任鵺野鳴介，通称“ぬ～べ～”。平时温柔又有点迷糊的他，其实拥有另一个身份：全日本唯一的灵能力教师
