前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!
百年前蜃地之战，天绻仙子手刃蜃君，从此蜃妖在苍朔大地消失，但因此天绻魂魄残缺，失去了战争中的记忆。战后天绻下凡在苍朔大地司职土地，收养了仙宠离枭（小黑鸟）。女战神和小黑鸟联手破案，在一桩桩诡奇的命案背后，发现了蜃妖重回苍朔大地的痕迹！而随着离枭化形，天绻发现已经死去的恋人邵未离、离枭、和被她杀死的蜃君之间有着某种可能的联系.....
