星元122年―― 这是众多企业扩展至宇宙,并构筑了巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利,作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员,过着充满邂逅和刺激的学园生活。 奎达工厂事件两周后,斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。 与此同时,米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。 向二人袭来的新的困难与迫近的决断。 少女们胸怀各自的感情,面对高达带来的强大诅咒。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。