冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴,洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面,赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人,而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时,Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现,开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋,在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选,赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”,让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里,男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果,结果却被分到最差的班级F班!同时,考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作,优异的成绩作废,同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境,只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
ここが、私たちの居場所だから 数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。 ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。 その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。 状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、 「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。