故事发生在绿山墙农庄之中，马修和玛丽拉是一对相依为命的兄妹，同时也是农场的主人。随着年岁的增长，每日繁重的农活渐渐令两人力不从心，于是他们决定从孤儿院领养一个男孩来作为他们的继承人。 然而，孤儿院却在阴差阳错之下将一个名为安妮（小山茉美 配音）的女孩送到了农场，这个女孩有着满脸的雀斑和一头耀眼的红发，非常的夺人眼球。马修是一个沉默寡言的男人，当性格开朗活泼的小安妮走进他的生活后，他渐渐的被快乐所感染。虽然马修很少和安妮讲话，但是他的关心和爱护如同春雨一般润物细无声，默默守护着安妮的成长。
目が覚めると、そこは見知らぬ森だった。どうやらここは俺の知らないファンタジー世界らしい。周囲を見渡せば、おっかない異形の魔獣だらけ。自分の姿を見てみたら、そこには…・・・って、オイ！俺、卵に転生したっていうのかよっ！？進化先にドラゴンとはあるものの、そもそも卵から孵るには魔獣を狩ってLVを上げなきゃいけないっぽい。戦うなんて絶対無理！だって俺、卵じゃああぁああああん！！なんとか進化はできたものの、せっかく出会えた人間からは“モンスター認定”される始末。俺はただ、人間と仲良くなりたいだけなんだよおおおおお！！いつだって絶体絶命！
混杂于群众之中，以人类的肉为食。 拥有人类的形态， 却与人类不同的存在……“喰种”。 对“喰种”进行驱逐、研究的CCG， 为了达成某个命题， 而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。 并非“正经人类”的他们， 与佐佐木琲世一等搜查官一起 在“东京”面对的事物究竟是——！？
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
