故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時，救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
