美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。
为了成为一名出色的神仙，家族长男神山佐间太郎（岸尾大辅 配音）和一干神之家人来到人间开始了他们的修行。结果，在父母过分的溺爱以及姐姐和妹妹的捣乱下，佐太郎居然成为了一个对什么事情都打不起精神的颓废男，眼看着离自己最初的梦想越来越远，这可怎么办才好？ 神仙也要上学呀。某一日，佐太郎的班上转来了一个孱弱的美少女小森久美子（前田爱 配音），久美子的出现让佐太郎眼前一亮立刻坠入了爱河。就算是为了让久美子获得幸福，也要加倍努力啊！就这样，重新振作起来的佐太郎对父母隐瞒了自己陷入恋情的消息，决定靠自己的力量，成为能够配得上久美子的神仙。
