故事发生在一个幻想中的武侠世界,这个世界普通人可以通过不断习武修练内功,激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰,是一个出身平凡,追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后,愤怒之下触发自身精神上的潜能,进入了类似量子效应的“心觉”状态,却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此,为了保护家人、爱人免遭致命侵害,以及调查父亲失踪谜案,林辰以一份神秘的名单为线索,追寻这一切背后的真相,并与邪派势力展开曲折艰险的斗争,谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。