神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术,逼迫其加入,教授拒绝而遭袭击,儿子神敬介也被杀害,身受重伤的父亲为了让儿子复活,不顾自己的伤势,亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后,父亲已死,透过计算机留言,敬介了解GOD欲危害世界的阴谋,于是背负起对抗邪恶的责任,成为第五号的假面骑士·假面骑士X。
风太郎和五胞胎的高中生活只剩下半年,最后的暑假就要开始了。为了集中精力学习考试,风太郎告诉五胞胎暑假期间不做家庭教师的兼职。因为暂时见不到风太郎而悲伤的五胞胎,突然收到了风太郎打来的电话……。