TNT在推特发布正式确定《TheLastShip》第二季将于2015年6月21日星期日在TNT回归《末日孤舰》第二季将有13集，比第一季多了三集
反黑组高级督察国锋（郭晋安 饰）为人正义、铁面无私，本来有一个其乐融融的家庭。不料却因整日忙于工作疏于照顾家庭而导致妻子阿玲和从美国回来的前男友阿John复合，离婚时国锋誓要取得儿子谦仔的抚养权。无奈下阿玲只得告知国锋真相，谦仔原来是她和前男友的儿子，于此同时谦仔得十分古怪的血液病，国锋无奈之下只好答应让谦仔跟阿John和阿玲移民美国去治病。 国锋多年前曾亲手将自己的好友阿庭逮捕归案，阿庭别无所求，只求阿峰在他坐牢期间帮忙照顾他的女友阿兰（刘雅丽 饰）。阿兰经营着一间酒吧，由此经常有些麻烦，国锋次次都出面帮她解决。新调来的美女同事雅丽（袁洁莹 饰）误认为国锋因为阿兰才抛妻弃子，故对他一直看不顺眼。国锋的好友兼同事家荣（张家辉 饰）喜欢上了雅丽，三人在合作过程不时擦出火花。他们能否顺利处理好工作上、感情上的矛盾？
李世民（莫少聪 饰）和吴国生（黄日华 饰）是多年的好友，后者因自己而丧命。对好友充满了愧疚的李世民收养了好友的儿子星仔（郑家麟 饰）。星仔个性叛逆，常常惹出许多的麻烦，让李世民的妻子郭可仪（何婉盈 饰）忍无可忍，最终选择离丈夫而去，只有李世民不离不弃的将星仔视如己出。 最终，星仔明白了李世民的苦心，两人之间逐渐产生了真挚的父子之情，在这个节骨眼上，星仔的亲生母亲叶芳（梁小冰 饰）突然出现在了李世民的生活里，要和李世民争夺星仔的抚养权。在此过程中，李世民和叶芳之间渐渐产生感情，无奈叶芳在国外已经结婚成家，两人的这段恋情注定不会有结果。
林家长子林尚富外表平凡庸碌，其实真人不露相，思路缜密，触觉敏锐，颇能洞察先机，但因其在待人处事方面处处表现得满不在乎，凡事不喜向人解释，结果常引起三位弟弟尚贵、尚荣及尚华与他之间的误会。虽然如此，但尚富内心却非常疼爱三位弟弟，不但大力支持天分不高、好读书的三弟到外国完成深造课程，同时亦鼓励有演艺天分的四弟尚华赴日再创事业高峰，成为敦厚老实的二弟尚贵马首是瞻的好哥哥。 除了四兄弟之外，尚富的生命中亦出现了两位重要的女性：夏楚翘及孙懿德。楚翘出身寒微，性格爽朗，处事世故，擅于交际，很能讨人欢心，相识满天下，奈何知己难求。直至邂逅尚富，觉得其人忠诚戆直，决助其发展事业，更有意付托终身，无奈尚富心有所属，情牵与他性格南辕北辙的孙懿德。懿德芳龄二十，出身艺术身家，音乐造诣甚高，天才横溢。唯独有艺术家悲天悯人情怀的她，十分同情尚富的遭遇，因而对尚富产生好感。面对亲情、友情、爱情及事业的种种考验，尚富将会如何处理呢？
