自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
艾伦为了毁灭世界,发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻,摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克,以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦,展开了最后的战斗。
伫立于近未来大都市一角的忍者宅邸。 住在那里的忍者一族石动家的长女·律花,憧憬着身为研究人员的父亲。 她觉得平凡而幸福的生活会一直持续下去,但就在某一天,宅邸突然遭到某人的袭击。面对走投无路的危机,律花果敢地挺身而出,但——。 成为劈开黑暗的“黑”吧!
当艾伦释放出巨人的终极力量时,世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心,他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。