“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。