《彗星路西法》讲述闪耀着蓝色光辉的矿石吉夫特矿石所覆盖的大地，行星吉夫特。宗吾天城是住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇，靛蓝花园的纯朴少年。以收集稀少矿石为乐趣的宗吾，某天被卷入同级生卡恩、罗曼、欧特等人引发的骚动，迷失在矿山深处的地底湖。在那里，宗吾遇到了一位不可思议的少女随风飘逸的蓝色长发，直直凝视的红色瞳孔。她究竟是什么人，这次邂逅给宗吾带来了什么？随后，缔结的羁绊将打开通往冒险的大门。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
