当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际,已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时,与一股强大的新威胁正面交锋,这股威胁足以永远改变人类的命运。
神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术,逼迫其加入,教授拒绝而遭袭击,儿子神敬介也被杀害,身受重伤的父亲为了让儿子复活,不顾自己的伤势,亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后,父亲已死,透过计算机留言,敬介了解GOD欲危害世界的阴谋,于是背负起对抗邪恶的责任,成为第五号的假面骑士·假面骑士X。