ゲームと医療で人々を救う平成仮面ライダーシリーズ「仮面ライダーエグゼイド」のVシネマ版3部作の第3弾。劇場版「仮面ライダーエグゼイド トゥルー・エンディング」から2年後の世界を舞台に、悪の根源・檀黎斗が放つ新たな脅威に立ち向かうライダーたちの活躍を描く。新ガシャット「ゴッドマキシマムマイティX」を手にした檀黎斗が仕かける最後のゲーム「ゾンビクロニクル」により、世界中が大パニックに陥ってしまう。強大なパワーを得た黎斗を止めるカギの存在に気付いた貴利矢は、正宗から託された言葉を胸に、たった1人でゲンムに立ち向かう。
在可见的未来，人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”，但是无人知道，那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭，月球在转眼之间被占领，跟着，它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”，经过长达十年的“月世界战争”，成功把可怕的侵略者消灭了，但是…… 早乙女博士以未开发成功的『三一万能侠』迎击反被击溃!一方面博士着手开发『新·三一万能侠』；另一方面，认为必须找到3位合适的驾驶员....
