在第二部里，包拯（陆毅饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰饰），
对于我们的三个主人公（一只小负鼠、一只刚孵化的鬣蜥和一只好斗的跳跳蛛）来说，在中美洲雨林中生存的噩梦从它们发现丛林深处的一个废弃实验室后迅速升级。不知不觉中，他们迷失在这个非自然的迷宫中，每个角落都隐藏着新的怪物，为了在为时已晚之前逃出去，他们展开了生命的搏斗。
少年符生不谙世事，唯独痴迷医学，非常规的行医手段让城中百姓对他又爱又怕。一桩突如其来的“百医之死”案，不仅令他痛失父亲，更使他蒙上弑父凶手的污名。绝境之中，幸得前来寻医的西川郡主文珏与仗义游侠顾天出手搭救，这才死里逃生。为报救命之恩，符生答应随文珏前往西川救治其父。而在整理父亲遗物时，符生意外发现一个秘密，原来这世间竟藏有一件关乎社稷安稳之物——天书宝藏。百医惨死之局，正是因它而起。更令他心惊的是，宝藏所藏之地，正指向西川；而开启一切的钥匙，竟就在自己手中。为查明真相、也为守护百姓安宁，符生与文珏、顾天并肩踏上寻找“天书”的险途。谜案环环相扣，奇诡之事接连不断，三人在这热血与阴谋交织的旅途中步步为营。然而符生并不知道，他这一步步入局，已在西川城中掀起暗涌波澜……
