在第二季的爆炸性事件之后，联调局特工彼得·苏德兰奉命追捕一名年轻的财政部探员——此人杀害上司后携敏感政府情报逃往伊斯坦布尔。由此展开的调查中，彼得一边追查黑钱网络，一边躲避雇佣杀手的追杀，更事与一名执着的记者走向了激烈对峙。两人联手揭开尘封的秘密与旧怨，这些阴谋足以令政府陷入瘫痪，而他们自己也在调查过程中身陷致命危机。
故事发生在1945年的陪都重庆。国民党特训班学生许忠义（沙溢饰）因留级奉命进入沈阳的军统组织，他的任务是打入中共部队做卧底，军统沈阳站特务头子陈明（赵纯阳饰）不明就里，对许的突返东北心存疑虑，许忠义设局巧妙地化解了陈的猜疑。由于许忠义当年是被迫加入军统组织，逐渐被共产党仁义精神教化，最终向我党自首，经过对他严格考查，党决定让他在敌人内部为我党发挥作用。投诚的许忠义利用敌人连吃败仗的厌战心理，在其内部分化瓦解，并为我军提供了大量急需的军用物资。原先他在军统的老对手齐公子（曹炳琨饰）来到沈阳，带来了上峰拟定的“渗透”行动方案，许忠义深知山雨欲来……
