杀人越货的罪犯连续神秘死亡，人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主，警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断，基拉有97%的可能性身在日本，于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前，L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时，泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月。不料，多年的搭档老渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决老渡所留下的任务。直升机送来了一箱给老渡的礼物，里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知，该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时，少女真希带着父亲的遗物来找老渡，她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到，L带着两个孩子开始了逃亡。还剩下6天，一向不擅长户外活动又失去了左膀右臂的L能否脱离危机？能否消灭人类制造可怕的死神？
人气极旺的名棒球手一郎（一郎 饰）从美国回到日本，引起极大轰动。古畑任三郎（田村正和 饰）和今泉慎太郎（西村雅彦 饰）都是一郎的粉丝，得知向岛音吉（小林隆 饰）在一郎的酒店担任护卫，二人缠着向岛帮他们索要签名，更令他们惊奇的是向岛竟然是一郎的哥哥。可是脸上永远挂着笑脸的向岛也有他的烦恼，长久以来他一直被有着黑社会背景的男子郡山繁（今井朋彦 饰）勒索，此番更要想法筹备1000万日元。走头无路的向岛打算铤而走险杀掉对方，而与他感情笃深的一郎则要与哥哥共同进行一场完美谋杀案。命案再起，精心策划和布置的现场，古畑刑警最大的挑战…… 本片为新春完结篇第二部。
小野和大介约定，为了应援棒球部冲击甲子园，加入吹奏乐团为棒球队员大介加油，二人各自经历挫折，最终找到自我。
