少年秦风，被誉为无极国千年一遇的天才，却因家族被陷害，被灭满门，只留他一人，在被废掉武脉之后，扔到边缘地带小宗门里自生自灭。为变强复仇，他一直隐忍，时常被欺负，只有心地善良的二师姐经常庇护他。其实所有人都不知道，秦风早已经偷偷开启艰难的体修之路。得知宗门有三人可去天道院修行，在名额已经确定的情况下，不再隐忍，在再次被宗门天才云天雨羞辱时，释放体修身份，直接暴揍云天雨，震惊众人。之后更是主动出击，屡次教训云天雨，公然挑衅护短的大长老，发誓要拿到去天道院修行的名额，因为只有这样才能变得更强。为避免徒弟受辱，最后双方约定，七日后进行比斗，胜者获得名额，可前往天道院修行。在这过程中，云天雨突破境界，意外成为圣子，受人追捧。
快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？ 启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？
