第二季的故事发生在第一季结束八年后，军情六处的特工乔纳森·派恩（汤姆·希德勒斯顿 饰）以为自己彻底埋葬了过去，如今他的化名叫作亚历克斯·古德温，在伦敦负责主导一个秘密监视小组，生活平静安逸。然而某晚，他偶然瞥见一位过去受雇于理查德的佣兵，并促使他再次行动，与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯（迭戈·卡尔瓦 饰）发生冲突。在这段危机四伏的新旅程中，派恩结识女商人罗克萨娜·博拉诺斯（卡米拉·莫罗 饰），她勉为其难帮助派恩潜入泰迪在哥伦比亚的军火行动。抵达哥伦比亚后，派恩深陷一场涉及武器和游击队训练的致命阴谋。随着敌我局势愈加难分难解，派恩急迫揭露一场旨在扰乱国家安宁的阴谋，但背叛如影随形，他必须决定自己究竟需要赢得谁的信任，以及在为时已晚之前，自己愿意付出多大的代价。
楚瑜的父亲战死沙场，身负重伤的兄长向她透露此中之事绝不简单，她立誓定要将真相查明。卫家在一场战役中遭遇惨败，卫家仅小儿子卫韫一人存活。楚瑜嫁入卫家，以已逝大哥遗孀的身份展开调查，起初卫韫心怀戒备，在之后的相处中被楚瑜所打动。楚瑜卫韫在此过程中几经生死、情愫渐生。他们历经生死考验，共同抵御外敌，深入调查真相，携手守护大好山河。
因先君上打压导致武将凋零，新帝面临内忧外患，将军之子南辰筱扮女避祸，燕霖特赐婚他与扮男入仕的芮祤以护二人，以谋新变数。危局之下，二人四处奔走历经生死，后坦白秘密、情愫暗生，共助燕霖成就盛世。该剧改编自聿枫×默千的漫画作品《指夫为妻》。
该剧通常延续由Nikki Alexander博士带领的团队，利用法医病理学和尖端技术侦破复杂的悬疑命案。预计将继续深入探讨扣人心弦的犯罪故事，并呈现主角们在专业与个人生活中的发展。
